{"id":179,"date":"2020-04-08T13:40:38","date_gmt":"2020-04-08T11:40:38","guid":{"rendered":"http:\/\/pagesperso.litislab.fr\/gdelmondo\/?page_id=179"},"modified":"2020-05-11T09:49:55","modified_gmt":"2020-05-11T07:49:55","slug":"2007-bioinformatique","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/pagesperso.litislab.fr\/gdelmondo\/projets\/archives\/2007-bioinformatique\/","title":{"rendered":"2007 D\u00e9composition des r\u00e9seaux m\u00e9taboliques"},"content":{"rendered":"\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n
Nom du projet<\/td>\nD\u00e9composition modulaire dans les r\u00e9seaux m\u00e9taboliques, <\/strong><\/span>extension avec la d\u00e9composition homog\u00e8ne<\/strong><\/span><\/td>\n<\/tr>\n
P\u00e9riode<\/td>\n2007<\/td>\n<\/tr>\n
Financement<\/td>\nNon financ\u00e9<\/td>\n<\/tr>\n
R\u00f4le<\/td>\nMaster 2 recherche<\/td>\n<\/tr>\n
Mots-cl\u00e9s<\/td>\nD\u00e9composition modulaire, d\u00e9composition homog\u00e8ne, th\u00e9orie des graphes, complexes macro-mol\u00e9culaires, r\u00e9seaux d’interaction de prot\u00e9ines (PPI)<\/td>\n<\/tr>\n
Site web<\/td>\nhttps:\/\/academic.oup.com\/bioinformatics\/article\/25\/7\/926\/210962<\/a><\/td>\n<\/tr>\n
\"\" \"\"<\/td>\n<\/tr>\n
Encadrants<\/td>\nIrena Rusu<\/a> & Damien Eveillard\u00a0<\/a>(Univ. de Nantes)<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n

La th\u00e9orie des graphes peut \u00eatre appliqu\u00e9e dans de nombreux domaines et en particulier \u00e0 la biologie.<\/p>\n

D\u2019un point de vue th\u00e9orique, la d\u00e9composition modulaire permet de trouver les diff\u00e9rents modules d\u2019un graphe. Un module d\u2019un graphe G=(V,E) est un ensemble de sommets M inclut dans V tel que tous les voisins de M ont les m\u00eames voisins dans V – M. On peut dire que tous les sommets de M sont per\u00e7us comme un seul par l\u2019ensemble des sommets de V – M.<\/p>\n

Appliqu\u00e9e \u00e0 un r\u00e9seau m\u00e9tabolique, cette d\u00e9composition permettrai de trouver les unit\u00e9s fonctionnelles qui compose le r\u00e9seau. Ces unit\u00e9s sont des entit\u00e9s semi-autonomes qui pr\u00e9sentent des connections fonctionnelles denses avec les autres unit\u00e9s et plus l\u00e2ches avec l\u2019environnement.<\/p>\n

L\u2019article de Julien Gagneur \u2018Modular decomposition of protein-protein interaction networks\u2019 (2004) illustre cette application.<\/p>\n

Les travaux auxquels j\u2019ai particip\u00e9 avec avec Mme Irena Rusu (PU) et M. Damien Eveillard (MCU) portent sur une extension de cette m\u00e9thode, la d\u00e9composition homog\u00e8ne.<\/p>\n

RapportM2<\/a><\/p>\n

Pr\u00e9sentationM2<\/a><\/p>\n

poster<\/a> JOBIM<\/p>\n

Publication associ\u00e9e<\/strong> :<\/p>\n

G. Del Mondo, D. Eveillard, and I. Rusu, \u00ab Homogeneous decomposition of protein interaction networks: refining the description of intra-modular interactions, \u00bb Bioinformatics, vol. 25, iss. 7, p. 926\u2013932, 2009.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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